【Mendeley方案】文献管理软件协作

jierme · 2019 年9 月 15 日 15:59

我自己花了近一千多买了个正版EndNote，如果Marginnote做到这些，我再花一千也无妨(´･_･`)

Lanco_Support-Team · 2019 年10 月 7 日 00:45

感谢seantan521的建议，如果是Mac使用，还有一个更好的办法：
直接设置MN内置资源库文件夹为Mendeley的归档文件夹。MN的同步机制是复制icloud文件，故该资源库文件夹同时包括了icloud同步文档和本地文档。

/System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/Containers/QReader.MarginStudyMac/Data/Documents

参考

【教程】Mac版MN3利用bindfs添加外置文档/视频目录而不拷贝/导入内置存储的方法插件与自动化

一，配置mac终端环境 1，安装homebrew包管理器，在官网复制最新安装命令 2，安装osxfuse 打开官网,右侧下载最新安装包 https://osxfuse.github.io/ 3，安装bindfs及其依赖（安装过程若有权限报错，homebrew会自动提供需要预先输入的命令，请按提示复制输入） brew install pkg-config brew install gettext brew install bindfs 二，日常使用 sudo bindfs 源目录挂载点目录 Notes： 0，若文档在mac系统硬盘上，且系统盘为APFS，请勿使用该方法挂载 > 将缓存和软件相关文件夹以类似沙箱的形式存储在资源库中是app通用的做法。 MN默认的mac沙箱存储位置在： /System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/Containers/QReader.MarginStudyMac/Data/Documents 类似的，苹果icloud文件会在本地生成一个同步缓存，其位于 /System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/CloudStorage/iCloud Drive 基于APFS文件系统，以MN为例，其缓存文件夹会存在于两个位置， icloud drive和data/documents，这2个文件夹都是资源库的子文件夹，但是只占用一份空间。比如一本书是1GB，他在这2个位置都会有一个文件，但是总占用仍为1GB。同一APFS分区下的文件拷贝只会创建一个链接符号，而不会占用空间。 1，注意需要在MN内建立一个临时目录，如testbindfs 2，每次运行MN前请确保移动存储已接入 3，若开启了相关文档的自动icloud，那么未接入移动存储开启MN时，MN会自动复制icloud同步文件至MN内，影响下次挂载。例子及其效果：（用户名lancoaventura替换为…

jierme · 2019 年10 月 7 日 13:37

啊啊啊，看的感觉好复杂呀……我用的EndNote，本身还有EndNote自带的同步服务，会不会有冲突呀

Lanco_Support-Team · 2019 年10 月 9 日 00:43

同步方面，如果您按我给出的路径添加为资料库（不确定Endnote是否支持自定义资料库位置），MN内的同步不开启的状态下，就不冲突，但是MN的笔记和文档是独立存储的，这样笔记就需要您自行备份了、

endnote它只会同步文档，不会同步MN的笔记数据

astronomyviolin · 2019 年10 月 10 日 06:04

我把Mendeley的归档文件夹设置在了dropbox里, 那可以把MarginNote的内置资源库文件夹也设置在那里吗？

Lanco_Support-Team · 2019 年10 月 10 日 09:55

可以借助Bindfs挂载一下，改变MN内置资源库的位置。

【教程】Mac版MN3利用bindfs添加外置文档/视频目录而不拷贝/导入内置存储的方法插件与自动化

一，配置mac终端环境 1，安装homebrew包管理器，在官网复制最新安装命令 2，安装osxfuse 打开官网,右侧下载最新安装包 https://osxfuse.github.io/ 3，安装bindfs及其依赖（安装过程若有权限报错，homebrew会自动提供需要预先输入的命令，请按提示复制输入） brew install pkg-config brew install gettext brew install bindfs 二，日常使用 sudo bindfs 源目录挂载点目录 Notes： 0，若文档在mac系统硬盘上，且系统盘为APFS，请勿使用该方法挂载 > 将缓存和软件相关文件夹以类似沙箱的形式存储在资源库中是app通用的做法。 MN默认的mac沙箱存储位置在： /System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/Containers/QReader.MarginStudyMac/Data/Documents 类似的，苹果icloud文件会在本地生成一个同步缓存，其位于 /System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/CloudStorage/iCloud Drive 基于APFS文件系统，以MN为例，其缓存文件夹会存在于两个位置， icloud drive和data/documents，这2个文件夹都是资源库的子文件夹，但是只占用一份空间。比如一本书是1GB，他在这2个位置都会有一个文件，但是总占用仍为1GB。同一APFS分区下的文件拷贝只会创建一个链接符号，而不会占用空间。 1，注意需要在MN内建立一个临时目录，如testbindfs 2，每次运行MN前请确保移动存储已接入 3，若开启了相关文档的自动icloud，那么未接入移动存储开启MN时，MN会自动复制icloud同步文件至MN内，影响下次挂载。例子及其效果：（用户名lancoaventura替换为…

astronomyviolin · 2019 年10 月 10 日 12:55

谢谢，用bindfs改掉了

jierme · 2019 年10 月 13 日 04:58

你好，我想问问你，改完后就是Dropbox同步marginnote的文件吗？不再需要借助iCloud？

Lanco_Support-Team · 2019 年10 月 13 日 23:51

不是的，MN的笔记数据是特殊的数据库格式，这个不能被第三方软件同步的，第三方软件只能同步MN的文档文件。其关联笔记不受影响

hyh3 · 2019 年10 月 14 日 19:27

我遇到的问题是 MarginNote 会打乱 Zotero 的文件存储的位置。
因为想利用 iCloud 的优势，我直接把 Zotero 的 library 设置到了 MarginNote 在 iCloud 的目录内，这样在 Mac 和 iOS 设备上都可以阅读文件。
Zotero 会把 pdf 文件存在其 storage 文件夹下的名字比较“随机”的子文件夹内。如果在 Zotero 内设置默认用 MarginNote 打开 pdf 文件后，通过 Zotero 打开 pdf 时，MarginNote 会自动把 pdf 从 Zotero 的文件夹内移动到 MarginNote 的根目录下。这时再想从 Zotero 内打开 pdf 就会失败，因为已经被 MarginNote 移走了。但如果通过 Finder 进入子文件夹，在 pdf 上选择“用 MarginNote 打开”，MarginNote 可以正常打开 pdf 并且不会移动 pdf 到根目录下。之后在 Zotero 打开 pdf 也不会有问题。虽然通过这种办法能够实现目的，但是也相当的麻烦，不知道有没有更好的解决方法。
另外，把 Zotero 的 library 整体放在 MarginNote 文件夹内的一个副作用是，每次想在笔记本内加入新的 pdf 时，会有一大堆文件出现在列表上。

Lanco_Support-Team · 2019 年10 月 15 日 15:59

您好，请参考我的bindfs教程及其同步tips中关于MN同步机制的说明： @hyh3

MN3同步故障报错信息截图统一收集与反馈帖+常见问题处理技巧故障反馈

同步问题常见解决技巧汇总： 1，大量PDF文档及其文件夹首次导入MN同步：大量文档初次同步可以使用ios自带的文件管理，将文件放置在icloud-Marginnote3文件夹中。大量资料同步，直接将文件丢到Finder中的icloud文件夹可以避免一些奇怪的问题，因为MN当前版本的同步机制受苹果限制–把icloud文件夹的内容复制为（apfs不占双份空间）MN内部存储，很多时候错误就来自于这个复制过程。所以如果大量文件初次同步，丢到Finder或IOS的FIles里MN3文件夹比较好，之后的笔记内容增量同步出错率实测会低很多。 2，WiFI传输，同一WIFI下两台设备开启同一文档问题： Marginnote Pro 具有该Wifi传输功能，MN3还没有移植过来。我们会在近几个版本优化MN3的短程传输。（MN Pro会自动检测您所处状态，一旦您使用Handoff，它会自动高速局域网传输。） MN3现版本下，请尽可能避免该场景。 3，Macos年久操作系统冗余错误原因导致的icloud全局异常：请在确保备份所有资料后，开机时按 “Option+R” 重置Mac，重置时选择不保资料重置，可修复大部分疑难杂症。 4，Icloud账户归属地原因导致的网络故障：近两年来，苹果将中国大陆的icloud服务器转移到云上贵州旗下，未转移icloud账户的用户，可能会出现访问慢，出错率高等问题，此类问题基于解决网络连通性的考虑，可对itunes和icloud使用不同账户，另外注册云上贵州所属的国区icloud账号用于同步。 5，

MN不会直接读取Icloud中的文件，而是将其复制到MN资源库内。即MN实际上只能打开其资源库预制目录内的PDF，不论你采取什么方法，这都是一个基本的前提。你需要通过bindfs把相关文件投射到MN资源库内。

seantan521 · 2019 年10 月 21 日 12:37

您好，感谢您的回复。我设置的mendeley的归档文件夹是：
/Users/用户名/Library/Mobile Documents/iCloud~QReader~MarginStudy/Documents/Mendeley Desktop

而您给的建议是：
/System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/Containers/QReader.MarginStudyMac/Data/Documents

请问这两种方法有啥区别么？哪个才是正确的MN内置资源库文件夹？

elvisjade · 2019 年11 月 5 日 17:24

zotero 的那个文件管理感觉真的有一点点乱，那个 zoteofile 还是什么插件你有试过吗？

seantan521 · 2019 年11 月 11 日 10:44

zotero的本地文件管理完全看不懂啊…不如mendeley简单直接方便

hyh3 · 2019 年11 月 16 日 02:50

尝试过。zoterofile 可以将 pdf 转存到指定的地方，并且自定文件夹结构和文件名。但是 zoterofile 操作起来有那么一些繁琐，似乎不能实现导入 pdf 自动转存，除非使用浏览器插件保存文章 pdf。再加上一些其他原因，我暂时先用 Mendeley 了。但是我感到真正麻烦的地方可能还是在于 MN。

过去我以为遇到的问题是 MN Mac 会自动把 pdf 从 Zotero 的目录下移动到 MN 的 iCloud 根目录下，这样就破坏了 Zotero 文件夹的结构，再从 Zotero 里打开就会找不到文件（我想大家希望的都是在文献管理软件中管理文献，在文献管理软件中选择用 MN 打开 pdf）。但是我后来发现这不是 Zotero 的问题。只要不是在 MN Mac 内打开，文件都会被移动到 MN 的 iCloud 根目录下。比如通过 Mac 右键菜单选择用 MarginNote 打开一个文件后，那个文件也会被自动移动到根目录下。

另一个现象是当我更改了位于 MN 的 iCloud 内 pdf 文件名称后，在 MN Mac 里看 pdf 还是原来的名称。如果在 MN 的 iCloud 内删除一个文件后，那个文件仍然可以在 MN Mac 里存在并可以被打开。后面我发现这个可能和 MN Mac 的存储机制有关。

当一个文件被拖入 MN 的 iCloud 内后，MN Mac 会把那个文件在“/System/Volumes/Data/Users/用户名/Library/Containers/QReader.MarginStudyMac/Data/Documents”复制一份（含文件夹结构），作为本地存储。以下是我的猜想。如果不是在 MN Mac 内打开文件，比如上面举例的通过 Mac 右键菜单选择用 MarginNote 打开，MN 首先会发现“没有在我的本地存储内找到这个文件”，然后就会移动文件到本地存储的根目录下。因为开启了 iCloud 同步，这个文件又被复制到了 MN 的 iCloud 的根目录下。表面上看来就是一个在 MN 的 iCloud 下的文件夹内的文件被移动到了根目录下。这也可以解释改名和删除的现象。即使 iCloud 内的文件被删除，那个文件仍然可以在 MN 的本地存储内被找到，只不过就是不算被同步了而已。

至于为什么 MN 要这么做，一方面可能是为了性能以及符合苹果规范，另一方面可能更是和设计哲学有关系吧。MN iOS 只能使用存储在 MN 的 iCloud 内的文件及笔记本。如果想打开 iCloud 上的非 MN 目录下的文件就只能通过导入复制一份的方式。我记得有很多其他 PDF 阅读类 App 其实是可以直接访问 iCloud 内任意位置的文件的（我个人偏好按照课程来建立文件夹，而不是把所有需要阅读的文件都统一放在一个目录下。能访问 iCloud 任意位置就会很方便了。）。MN 之所以不这么做的一个可能的原因是笔记本。MN 对 pdf 的注释和笔记本是独立于 pdf 本身分开储存的。如果设计了打开外部文件功能的话，只能建立一个笔记本和源文件的链接。如果外部文件的位置变化了就会变得有些麻烦。但是这样做的代价是如果想在 Mac 上访问外部文件只能用符号链接（猜想，没试过）或者 bindfs 来实现。进一步的代价是 MN 和其他 App、软件协作很难，因为上面提到的文件存储的问题，而且注释默认不是嵌到 pdf 文件内的，其他地方也看不到。

不过我暂时没有尝试 bindfs，我觉得这样无法通过 iCloud 和 iOS 上的 MN 协作（猜想，没试过）。而且如果麻烦超过了一个阈值就想先不管了。目前我使用的是把 Mendeley 目录放在 MN 的 iCloud 目录下，并始终通过 MN Mac 打开文件的方式。至少在文献还不多的情况下还可以应付下去。

Lanco_Support-Team · 2019 年11 月 16 日 18:59

对于几个猜想我备注下
1，MN Mac会自动确保icloud和内部资源库目录均有一份PDF文件，哪里没有复制哪里，故如需与文献管理软件协作，关闭相关项目的Icloud可以避免复制。
2，MN不支持符号链接，唯一支持的方案是Bindfs，Bindfs也没有那么麻烦本身是一个程序，需要配置的是开机自动挂载，把文献管理软件的数据库文件夹挂载到MN内部资源库目录，此时如未开icloud，MN会视为不需要任何复制，不会破坏你的文件结构。
3，为什么要这么做：MN独立存储笔记数据库和PDF，需要PDF位于MN内部目录来关联和识别位置
4，不论使用什么文献管理软件都有一个共同要求，就是要么设置文献目录到MN的内部资源库目录下，要么用Bindfs挂载到MN的内部资源库目录下。文献存储位置最好有个共同的总目录，而不是散乱各地的，以方便一次性挂载完。尽可能别把目录直接设置在MN的icloud目录下，这样做会产生复制成本，增加出错几率。

Lanco_Support-Team · 2019 年11 月 16 日 19:00

MN未来一年会对学术用途逐步做优化，团队也会提供官方的，更简化的操作教程。

poor_pharmdoctor · 2019 年11 月 23 日 10:26

太棒了，我相信在对于高校在读本科生和在读的研究生，以及科研工作的人群来说，目前存在的笔记软件和文献管理软件之间不能很好的互通是一件难以解决的事情。当然我们并没有希望一个软件能解决所有问题，但是这样优秀的软件之间的相互支持无疑是极大地补充这种空缺。

hxp_summer · 2020 年2 月 4 日 14:41

可以试试 zotfile插件。把所有论文的pdf文件从zotero的数据库从提取出来，对于zotero来说，你的pdf只是个相对链接，它不要求你的pdf放在它的数据库中。可参考知乎的文章：Zotero 跨平台同步附件的实现 Zotero 跨平台同步附件的实现 - 知乎